In ambito pallanuotistico i successi della società hanno una storia recente, venuti in seguito all’ingresso del gruppo Systema come sponsor principale. Nel 2001 arriva per la prima volta nella sua storia in finale di Coppa LEN, ma viene sconfitta dal Mladost. Trofeo che viene messo in bacheca in seguito, dato che in cinque anni, tra il 2002 e il 2006 la Systema Leonessa riesce a vincere tre Coppe LEN (battendo nelle finali la Pro Recco e Florentia in due derby tutti italiani ed i russi del Sintez Kazan). Ottiene il suo primo titolo di Campione d’Italia nel 2003, battendo la Pro Recco.
Nel 2011 raggiunge per la prima volta la finale di Coppa Italia, ma la perde contro i detentori del titolo della Pro Recco; nel 2012 si prende la rivincita conquistando il trofeo. Nello stesso anno ottiene la terza finale scudetto, sempre contro i liguri, ma viene sconfitta. Sfida e risultato che si ripeteranno altre 3 volte, nelle finali negli anni successivi.
Nel 2016 ottiene la quarta vittoria della Coppa LEN, battendo il Sintez Kazan, diventando così il club con il maggior numero di successi in tale manifestazione.
Nel 2021 arriva il secondo scudetto dopo aver battuto la Pro Recco 3-1 nella serie. Sempre a giugno dello stesso anno, la squadra capitanata da Christian Presciutti vince la medaglia di bronzo alle finali di Len Champions League.
